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Chimica Organica per Biotecnologie
Programma
In
questo corso si vuole fornire agli studenti la conoscenza della chimica
organica di base e delle principali reazioni organiche propedeutiche ai
successivi corsi di indirizzo tipici del corso di laurea in
Biotecnologie. Si prefigge l’obiettivo di far apprendere elementi
di spettroscopia IR, NMR protonica e di carbonio-13 e spettrometria di
massa nonché di far acquisire manualità di
laboratorio attraverso una serie di esperienze didattiche.
Contenuti:
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1.
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Introduzione alla Chimica Organica: origine
della vita, la chimica organica nella vita di oggi. Il legame chimico:
orbitali atomici e teoria degli orbitali molecolari. Orbitali
molecolari di frontiera. La geometria molecolare. Richiamo ai concetti
di acido e base e alle reazioni redox.
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2.
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Il
Carbonio: la struttura tetraedrica negli alcani,
orbitali ibridizzati sp3 e legami σ. Altri atomi
con ibridizzazione sp3. Atomo di carbonio trigonale negli
alcheni: orbitali ibridizzati sp2 e legami π, altri atomi
con orbitali ibridizzati sp2. Atomo di carbonio
negli alchini: orbitali ibridizzati sp. Legami covalenti con
carboni sp3, sp2 e sp: lunghezza e
forza dei legami. Elettronegatività del carbonio, legami e
reattività chimica. Gruppi funzionali al carbonio:
alogenuri, alcoli, eteri, composti carbonilici, carbossilici
e derivati, ammine, nitrili. Il benzene. Concetti di
risonanza e tautomeria cheto-enolica. Struttura, gruppi
funzionali e forze intermolecolari: interazioni
dipolo-dipolo, legame a idrogeno, legami di Van der Waals.
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3.
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Introduzione alle reazioni organiche e loro meccanismi:
relazioni termodinamiche. Diagrammi di energia: S.T. o complesso
attivato. Valori termodinamici relativi allo S.T. Cinetica di una
reazione; velocità e ordine di una reazione, rapporto con G di
attivazione e passaggio determinante la velocità. Omolisi ed
eterolisi di legami covalenti. Carbocationi e carbanioni e
stabilità relative. Radicali e criteri di stabilità.
Carattere acido o basico dei vari gruppi funzionali. Effetto dei
cambiamenti di struttura sull’acidità e la
basicità. Effetto induttivo e di risonanza. Definizione di
reagenti elettrofili e nucleofili. Concetto di regio e
stereoselettività di una reazione organica.
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4.
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Alcani e Cicloalcani:
struttura e nomenclatura IUPAC, radicali alchilici. Isomeri
strutturali. Isomeria e proprietà fisiche. Isomeria
conformazionale: definizione ed esempi via diagrammi di energia (etano
e butano). Origine degli alcani nel petrolio; processi di cracking.
Reattività degli alcani verso gli alogeni: alogenazione
radicalica. I cicloalcani: stabilità relativa e tensione
d’anello. Ciclopentano e cicloesano. Conformazione del cicloesano
e dei cicloesani sostituiti: idrogeni assiali ed equatoriali, la
stereoisomeria cis-trans. Analisi conformazionale. Principali metodi di
sintesi di alcani e cicloalcani.
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5.
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Stereochimica:
isomeri costituzionali e stereoisomeri. Enantiomeri e diastereoisomeri.
Nascita dell’asimmetria. Chiralità. Carbonio chirale e
stereocentro. Relazioni tra stereoisomeri configurazionali: enantiomeri
e racemi. Luce polarizzata ed attività ottica. Regole di
rappresentazione di composti chirali (R,S o D,L). Strutture proiettive
di Fisher. Composti con più stereocentri: diastereoisomeri e
mesoforme. Stereoisomeria nei composti ciclici: configurazioni e
conformazioni. Risoluzione racemica e sintesi asimmetrica. La
stereoisomeria dei composti ciclici.
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6.
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Alcheni e alchini: nomenclatura
IUPAC; gruppi allile e vinile. Isomeria geometrica e proprietà
chimico-fisiche; stabilità degli alcheni con diversa
sostituzione. Reattività: addizioni elettrofile di acidi
alogenidrici, acqua, acido solforico, alogeni (Br2).
Meccanismo, stereochimica e cinetica delle reazioni, regola di
Markovnikov. Formazione di alcoli per idroborazione, ossimercuriazione
e demercuriazione. La formazione di aloidrine. Ossidazione di doppi
legami: formazione di glicoli con permanganato di potassio e tetrossido
di osmio; reazioni con peracidi e formazione di epossidi.
Stereoselettività nelle reazioni di ossidazione. Reazione di
idrogenazione: catalisi (omogenea ed eterogenea), meccanismo e
cinetica; stereo e chemoselettività della reazione di
idrogenazione. Alchini: definizioni e nomenclatura; acidità
degli alchini, acetiluri metallici. Addizioni elettrofile al triplo
legame, meccanismo e regioselettività. Idrogenazione del triplo
legame parziale e totale. Addizione di acqua: prodotti di reazione.
Principali metodi di sintesi di alcheni ed alchini.
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7.
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Reazioni di sostituzione nucleofila ed eliminazione al carbonio saturo: cinetica e meccanismo delle reazioni SN1 e SN2; competizione tra i due meccanismi; stereochimica delle reazioni via SN1 o SN2.
Nucleofili e nucleofilicità: confronti tra diversi nucleofili.
Effetto sterico, polarizzabilità. Solventi nelle reazioni di
sostituzione; classificazione ed effetto. Gruppi uscenti: definizione e
confronto; trasformazione di gruppi uscenti. Reazioni di eliminazione:
cinetica e meccanismo delle reazioni E1 ed E2;
regioselettività e stereochimica nelle reazioni di eliminazione.
Competitività tra reazioni di sostituzione ed eliminazione. La
chimica degli alogenuri alchilici: preparazione e reattività.
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8.
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Alcoli, eteri ed epossidi:
struttura e nomenclatura; proprietà chimico-fisiche degli alcoli
e degli eteri. Preparazione degli alcoli. Le reazioni degli alcoli.
Trasformazione di alcoli in alogenuri alchilici. Metodi di protezione
della funzione ossidrilica. Trasformazione della funzione alcolica in
tosilato e mesilato, buoni gruppi uscenti. Preparazione di eteri
(Sintesi di Williamson). Reazione di aloidrine per la preparazione di
epossidi (sostituzione nucleofila intramolecolare). Rottura del legame
etereo. Apertura di epossidi.
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9.
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I composti organometallici:
preparazione di composti organolitio ed organomagnesio. Reazioni dei
composti organometallici con epossidi e con composti carbonilici.
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10.
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Aldeidi e chetoni:
aldeidi e chetoni: il gruppo carbonilico, sua struttura e
reattività verso reagenti nucleofili ed elettrofili.
Nomenclatura e proprietà fisiche di aldeidi e chetoni.
Principali metodi di sintesi di aldidi e chetoni. Reazione di addizione
nucleofila: formazione di emiacetale e acefali, formazione di immine e
enammine, addizione di ilidi al fosforo. Reazioni con reattivi di
Grignard. Composti carbonilici come acidi e basi (enoli ed enolati,
tautomeria). Reazioni di condensazione aldolica. Formazione
regioselettiva di enolati. Reazioni di addizione a composti carbonilici
-insaturi: reazione di addizione di Michael.
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11.
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I sistemi insaturi coniugati:
il catione allilico: forme di risonanza e stabilità. I dieni
coniugati e loro stabilità. L’attacco elettrofilo ai dieni
coniugati: addizione 1,2 e 1,4.
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12.
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La chimica dei composti aromatici::
benzene, strutture di Kekulè, aromaticità negli areni e
nei composti eteroaromatici. Regola di Huckel. Nomenclatura e
proprietà dei composti aromatici: alogenuri, acidi carbossilici,
fenoli, ammine, composti aromatici policondensati. Reazione di
sostituzione elettrofila aromatica (nitrazione, alogenazione,
solfonazione, reazioni di Friedel-Crafts): meccanismo e dati cinetici.
Orientamento nella reazione di sostituzione su anelli con un
sostituente. Gruppi attivanti e disattivanti, orientamento nella
sostituzione. Sostituzione su anelli con più di un sostituente.
Fenoli ed aniline. Reazioni di sostituzione nucleofila aromatica:
attivazione dell’anello, orientamento, meccanismo di reazione.
Reazione di ossidazione di catene laterali di composti aromatici.
Reazioni di riduzione di sistemi aromatici.
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13.
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Acidi carbossilici e loro derivati:
Proprietà del gruppo carbossilico. Acidità. Nomenclatura
e proprietà chimico-fisiche. Preparazioni degli acidi
carbossilici. Trasformazione degli acidi carbossilici nei principali
derivati: alogenuri, anidridi, ammidi e esteri. Reattività del
gruppo carbossilico: addizione nucleofila-eliminazione al carbonio
acilico. Preparazione dei cloruri acilici via cloruro di tionile.
Preparazione delle anidridi. Preparazione degli esteri: il meccanismo
della reazione di esterificazione di Fisher. Idrolisi dei derivati
degli acidi. La reazione di decarbossilazione. I composti
-dicarbonilici: la condensazione di Claisen, la sintesi acetoacetica e
la sintesi malonica.
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14.
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Ammine:
Struttura e loro diffusione in natura. Nomenclatura e proprietà
chimico-fisiche Basicità. Preparazioni: reazione di ammoniaca e
ammine con alogenuri alchilici; riduzione delle azidi, di immine e di
nitrocomposti. Nitrosazione di ammine aromatiche. La reazione di
Sandmeyer e sintesi di azocomposti.
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15.
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Composti eterociclici:
Nomenclatura. Composti eterociclici aromatici. Reazioni degli
eterocicli come acidi e basi. Reazioni di sostituzione elettrofila
aromatica degli eterocicli pentaatomici e loro benzocondensati.
Eterocicli azotati: pirrolo e piridina. Basicità di pirrolo e
piridina. Reazioni di sostituzione aromatica sulla piridina.
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16.
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Carboidrati:
struttura e distribuzione. Stereochimica degli zuccheri. Proiezione di
Fisher. Determinazione della configurazione assoluta. La mutarotazione.
Reazione di formazione di emiacetali: strutture cicliche dei
monosaccaridi. Formule di Haworth. Effetto anomerico. Formazione dei
glucosidi. Reazioni di ossidazione dei monosaccaridi: ossidazione
con periodato, reattivo di Benedict e di Tollens. Zuccheri riducenti.
La reazione con fenilidrazina. Principali monosaccaridi: glucosio e
fruttosio. Disaccaridi: lattosio, maltosio e saccarosio. Polisaccaridi:
amido e cellulosa.
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17.
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Amminoacidi e peptidi:
Struttura, proprietà e stereochimica. Classificazione degli
amminoacidi presenti nelle proteine. Gli amminoacidi come acidi e basi.
Determinazione della struttura dei peptidi: struttura primaria,
secondaria, terziaria e quaternaria. Degradazione delle proteine in
peptidi e amminoacidi: idrolisi acida, degradazione enzimatica. Sintesi
di peptidi: attivazione del gruppo carbossilico e formazione del legame
peptidico.
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Testi di
riferimento
T.W. Graham Solomons, C.B. Fryhle
“Chimica Organica”
- Zanichelli - 3a Ed. Italiana sulla nona Ed. Americana, 2009.
Testi
consigliati
J. McMurry “Chimica Organica”
Zanichelli.
Brown-Foote, "Chimica Organica" IV
Edizione, 2009, Edises.
Programma ( ) del corso
di
Chimica Organica Avanzata
- Studio e descrizione dei
principali meccanismi di reazione
- Aromaticitŕ
- Teoria delle reazioni
concertate
- Reazioni pericicliche:
cicloaddizioni, Reazioni elettrocicliche, Riarrangiamenti
sigmatropici.
- Reazioni organiche
catalizzate da metalli di transizione: formazione di legami C_C
tramite Suzuki coupling, reazione di Sonogashira e reazione di
Stille .
- Formazione di doppi legami
C=C tramite reazione di metatesi, Peterson, Wittig and
Wittig-Horner.
- Principali reazioni
asimmetriche quali epossidazione, diidrossilazione e
amminoidrossilazione.
- Esperienze di laboratorio
sulle principali e piů moderne reazioni orgamiche.
Testi consigliati
-
Carey. R.J. Sundberg, “Advanced Organic Chemistry”-
Part A, Plenum Press London.
-
F.A. Miller, P.H. Solomon., “Writing Reaction Mechanism in Organic
Chemistry”, Academic Press, II ed.
-
I. Fleming, “Frontier Orbitals and Organic Chemical Reactions”, J.
Wiley and Sons, 2005.
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T. L. Gilchrist, R. C. Storr. “Organic Reactions and orbital
symmetry”, Cambridge University Press.
-
E. N. Jacobsen, A. Pfaltz, H. Yamamoto, “Comprehensive
Asymmetric Catalysis”, Vol II.
Springer Editor.
Programma ( ) del corso di
Chimica Organica dei Prodotti Bioattivi
Programma
In questo corso si vuole fornire agli
studenti la conoscenza delle caratteristiche di un farmaco; la
conoscenza dei rapporti struttura attività; principi di
farmacocinetica e farmacodinamica; conoscenza dei criteri di scelta
delle modifiche più opportune da fare per l’ottenimento di analoghi.
Principi di sintesi asimmetrica per la sintesi di strutture
farmacologicamente attive; conoscenza del percorso di approvazione di
un farmaco e sua produzione. Si approfondirà la conoscenza dei
composti inibitori di enzimi con particolare attenzione al virus
dell’HIV e alla sintesi di nuovi composti antivirali.
Contenuti:
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Classificazione dei farmaci, disegno
delle strutture, provenienza naturale, stabilità.
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Relazione struttura-attività, sintesi di
analoghi, sviluppo e produzione
-
Composti inibitori di enzimi
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Sintesi di strutture ad attività
antivirale
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Principali metodi di sintesi asimmetrica
per l’ottenimento di composti farmacologicamente attivi:
diidrossilazione, amminoidrossilazione ed epossidazioni.
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Importanza degli anelli eterociclici nei
composti farmacologicamente attivi.
Testi di
riferimento
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Gareth Thomas, “Medicinal Chemistry, an
introduction”, Wileey Interscience
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H.P. Rang, M.M. Dale, J. M. Ritter, P. K.
Moore, “Farmacologia”, Casa Editrice Ambrosiana per l’edizione
italiana.
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W. Cabri, R. Di Fabio, “From bench to
market”, Oxford University Press
-
E. N. Jacobsen, A. Pfaltz, H. Yamamoto,
“Comprehensive Asymmetric Catalysis”, Vol II. Springer Editor
Orario Ricevimento Studenti:
(presto online)
Date Appelli di Chimica Organica per
Biotecnologie:
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28 marzo 2011 ore 10.30 |
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9 maggio 2011 ore 10.00 |
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20 giugno 2011 ore 9.30 |
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27 luglio 2011 ore 9.30 |
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20 settembre 2011 ore 9.30 |
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28 ottobre 2011 |
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29 novembre 2011 |
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16 gennaio 2012 |
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13 febbraio 2012 |
Materiale didattico
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